در پی افشاگری های محمود صادقی در باره نقش علی شمخانی در سرکوب مردم در جریان اعتراضات آبان ۹۸، دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی طی اطلاعیه‌ای سخنان محمود صادقی را تکذیب کرد.
در ویدئویی که از محمود صادقی پخش شده است وی می‌گوید در جریان وقایع آبان ۹۸ به علی شمخانی گفته است که مردم در خیابان هستند، «دارند مردم را در خیابان‌ها کشند» و از او پرسیده است که «اگر مردم به خانه نروند و در خیابان بایستند، می‌خواهید چه کنید» و شمخانی جواب داده «ولو بلغ ما بلغ [برای اتمام حجت] ما می‌زنیم».
آقای صادقی در بخش دیگری از این ویدئو می‌گوید که در جلسات کمیسیون‌های مجلس از مقام‌های مسئول پرسیده شده که «آیا نشانه‌ای از دخالت گروهک‌های اپوزیسیون» در اعتراض‌های آبان ۹۸ پیدا شده است یا نه و آن‌ها گفته‌اند که نشانه‌ای پیدا نشده و معترضان از مردم بوده‌اند.
لازم به اشاره است که این گفتگو همزمان است با سالگرد اعتراضات اسلامشهر در ۱۵ فروردین ۷۴ که پس از شورش خرداد ۷۱ مشهد، دومین شورش گسترده در تاریخ جمهوری اسلامی است. در سال‌های نخست دهه ۷۰ چندین واقعه مشابه رخ داد که در تمام موارد مردم فقیر و حاشیه‌نشین اطراف شهرهای بزرگ مثل تهران، شیراز، اراک، مشهد، تبریز و قزوین در اعتراض به شرایط اقتصادی و تورم ۵۰٪ دست به شورش زدند؛ اما با دخالت نیروهای نظامی سرکوب و در غیاب رسانه‌ها فراموش شد.
شورش اسلامشهر که از روستای اکبرآباد (نسیم‌شهر فعلی) آغاز شد، با دخالت قرارگاه امنیتی ثارالله #سپاه_پاسداران به شدت سرکوب شد. در منابع رسمی به بازداشت بیش از ۲۵۰ نفر، جان‌باختن یک مامور نیروی انتظامی و ۶ مجروح اشاره شده؛ ولی شاهدان عینی و رسانه‌های خارجی از بازداشت هزاران نفر و کشته و ناپدیدشدن ده‌ها شهروند دیگر یاد کردند.
نقش مستقیم علی شمخانی در کشتار معترضین آبان ۹۸
در سندی که صحت و اصالت آن توسط دکتر کاوه موسوی، دادستان ملی ایرانیان ، آزموده و تایید شده است، علی شمخانی طی ابلاغیه ای به نیروهای امنیتی و نظامی مجوز شلیک به معترضین و استفاده از نیروهای نظامی حشد الشعبی، فاطمیون،حسینیون، زینبیون را در سرکوب مردم معترض صادر کرده بود.
